分子动力学模拟LAMMPS初级培训班

1.培训简介

分子动力学MD（MolecularDynamics）模拟是用计算机方法来表示统计力学，作为实验的一个辅助手段。MD模拟用来研究不能用解析方法来解决的复合体系的平衡性质和力学性质 ，用来搭建理论和实验的一个桥梁 ，在数学 、生物、化学 、物理学、材料科学和计算机科学交叉学科占据重要地位。开源的分子动力学模拟软件LAMMPS具有有良好的并行扩展性，可以支持包括气态，液态或者固态相形态下、各种系综下、百万级的原子分子体系，并提供支持多种势函数，吸引越来越多的计算模拟科研人员使用，基础培训班可以为广大LAMMPS初学者提供一个良好学习平台，在较短的时间内对分子动力学理论以及LAMMPS使用的基础知识进行更有效的掌握，为今后更深一步的分子动力学模拟打下坚实的基础。 

2.培训内容

第一天

  8:00--11:30

linux系统简介，常用基础命令操作讲解

windows 版本的lammps安装使用

超算平台作业调度系统LSF介绍，作业提交、查询，状态监控

分子模拟的发展历史、分子模拟的优势和局限

分子模拟的基本框架：建模（前处理）、采样（模拟）、分析（后处理）

基本动力学方程：分子动力学的基本假设和理论框架

数值算法：分子动力学常用的数值算法及选择它们的理由

运动方程/边界/截断/长程作用/系综/控温控压等一系列基本概念介绍

力场（经验势函数）：如何针对不同系统选用不同的势函数，此部分为分子动力学的核心。同时还会介绍一点MD的GPU计算相关内容。

13:30--17:00

LAMMPS上机实战1

用 LAMMPS操作完成Lennard-Jones melt问题的分子动力学模拟，了解in文件的基本结构及其逻辑安排，学习最常用的lammps命令，包括有序结构初始构型的建立方法、时间步长的设置、构型的输出，通过ovito可视化软件来看动画做图片以及结构分析等。

  第二天

 8:30--11:30 

LAMMPS上机实战2

用 LAMMPS操作完成 crack、shear、flow、friction等问题的分子动力学模拟，并将结果利用VMD、OVITO软件进行可视化。学员在此阶段可进一步学习LAMMPS in文件的编写及可视化软件VMD的使用，制作精美图片、动画。通过练习，学员亲自上机实践，加深对lammps关键命令的理解。

13:00--17:00 

LAMMPS上机实践3

学习data文件的结构以及编写方法和注意事项， 学习用VMD、packmol、Moltemplate、MS软件、topotool命令来建立涉及水、碳管、石墨烯、高分子链、复合系统等的初始构型，并导出lammps能用的data文件的方法。通过具体的练习，亲自操作，加深学员对于这些软件、方法的掌握。

   第三天

   8:30-11:30

LAMMPS上机实践4

利用LAMMPS完成melt, crack问题的研究，并分析模拟所得结果。运用lammps对系统施加不同力学载荷、模拟磁场、电场以及控温、控压等操作的实现；学习用lammps输出分析所需要的系统不同层次的信息的方法；进一步讲解VMD、OVITO在模拟结果分析中的作用。通过具体的练习来加深学员对lammps施加不同载荷的命令的理解。

13:30--17:00

LAMMPS上机实践5

全原子分子动力学模拟、粗粒化分子动力学模拟实例讲解。通过多个实例的演示学习，加强学员对lammps模拟中数值模型的建立、主要文件的编写、系统平衡、时间步长选择、出错调试等等一系列重要问题的认识。答疑解惑，互动讨论。

答疑解惑，互相讨论。

3.培训师资

王老师

理学博士，有丰富的lammps使用经验，多次担当lammps培训班主讲，运用lammps所做的科研工作已发表在ACS Nano，ACS Macro Letters，Carbon，Scientific Reports等国际学术期刊。

4.时间地点

2019/08/09 - 2019/08/11

北京海淀

应物会议中心

地址：北京市海淀区花园路6号（近元大都遗址公园）

 有疑问可咨询：13643136553或472355722@qq.com

5.培训费用 

（不含差旅费、餐费）

午餐可安排酒店自助餐（100元/天），算做培训费一同开发票。

可以预订应物会议中心的住房，有单人大床房或者双人标间，价格都是350/天，住宿费用需学员自行向会议中心结算。